Namun sayang, kesuksesan Lidya Pratiwi harus terhenti. Ia terlibat kasus pembunuhan berencana terhadap pacarnya sendiri, Naek Gonggom Hutagalung yang kala itu merupakan seorang model. Naek ditemukan meninggal di kawasan Ancol pada 28 April 2006 silam.
Setelah ditelusuri, ibu dan paman Lidya yakni Vince Yusuf dan Tony Yusuf merupakan otak pembunuhan Naek. Lidya berperan sebagai umpan yang bertugas membawa Naek ke lokasi pembunuhan usai berjalan-jalan di mall. Kemudian, ibu dan paman Lidya melancarkan aksi kejinya.
Motif pembunuhan Naek Gonggom Hutagalung karena paman Lidya Pratiwi terlilit utang. Barang berharga Naek dan bukti penarikan uang dari ATM menjadi barang bukti kejahatan kejam ini.
3. Divonis Penjara Selama 14 Tahun
Walau bukan otak pembunuhan, Lidya Pratiwi dijatuhkan hukuman penjara selama 14 tahun karena telah membantu pembunuhan. Padahal, Lidya masih berusia 19 tahun kala itu.