Pria dengan tinggi badan 194 cm itu bermain untuk Indonesia di level U-19 pada Oktober 2020. Kemudian pada Mei 2021, Elkan Baggott menerima panggilan untuk bergabung dengan Timnas senior Indonesia. Namun, ia menolaknya dengan alasan pembatasan perjalanan COVID-19.
Setelahnya di bulan November lalu, Elkan Baggott akhirnya menerima pinangan Timnas Indonesia dan melakukan debutnya di tim senior dalam pertandingan persahabatan melawan Afganistan.
Elkan Baggott juga sudah menerima Kartu Tanda Penduduk (KTP) dan resmi menjadi Warga Negara Indonesia (WNI).
Pada 12 Desember, Elkan Baggott melakukan debut kompetisi tim seniornya lewat Piala AFF Suzuki di Singapura dengan melawan Laos dan memenangkan pertandingan 5-1.
Lalu pada 19 Desember, Elkan Baggott mencetak gol perdananya untuk Tim Nasional Indonesia saat melawan Malaysia dan menang telak 4-1.