Namun, pada tahun 2014 dirinya tersangkut sederet skandal dengan seorang perempuan disebut dengan Nona Choi yang kala itu menjadi kekasihnya. Dia diduga menghamili hingga melakukan penganiayaan. Perempuan yang sudah menjadi mantan itu mengklaim dirinya mengalami patah tulang rusuk hingga membutuhkan waktu sekitar enam minggu untuk sembuh.
Gugatan tersebut kemudian ditarik setelah Kim Hyun Joong membuat permintaan maaf resmi dan setuju untuk membayar sebesar KRW 600 juta atau Rp7,7 miliar dengan syarat karahasiaan kasus akan dijaga. Kim Hyun Joong juga didenda sebesar KRW 5 juta atau Rp64 juta untuk tidak kekerasan yang dilakukan.
Terus berlanjut, di tahun 2015 sang mantan mengajukan gugatan lain dengan biaya kerugian mencapai KRW 1,6 miliar atau sekitar Rp20,7 miliar. Dia mengatakan bahwa tindak pelecehan yang dilakukan Kim Hyun Joong membuatnya keguguran dan menekan dirinya untuk melakukan aborsi. Pihak Kim Hyun Joong mengajukan gugatan balik dengan nominal yang sama, katanya Nona Choi telah melanggar perjanjian dan memberikan informasi palsu.
Kabar terbaru, pada 12 November 2020 dilansir IntipSeleb dari Soompi, Selasa, 29 Desember 2020 mantan kekasih Kim Hyun Joong diperintahkan oleh Mahkamah Agung untuk membayar KRW 100 juta atau Rp1,2 miliar kepada Kim Hyun Joong. Karena tidak ada bukti terjadi keguguran karena pelecehan atau pemaksaan melakukan aborsi.
Penampilan di Preview Ask Us Anything: Fortune Teller
Sejak skandalnya mencuat, Kim Hyun Joong tidak terlihat tampil di program televisi. Dia juga pergi melaksanakan wajib militer pada Mei 2015 dan selesai di Februari 2017. Meski tidak muncul di tv, Kim Hyun Joong tetap berkarya di dunia musik.