Kekaguman atas Pancasila serta penekanan pentingnya setiap bangsa memiliki pandangan hidup dan dasar falsafah negara menjadi pesan yang kerap digaungkan Bapa Suci dalam kunjungannya ke kota-kota di Indonesia.
Di Jakarta, pada 9 Oktober 1989, Paus Yohanes Paulus II memimpin misa kudus ekaristi di Stadion Utama Senayan (kini SUGBK) serta melakukan pertemuan empat mata dengan Presiden Soeharto di Istana Merdeka.
Sehari berselang, Sri Paus juga menyambangi Taman Mini Indonesia Indah (TMII) serta bertemu biarawan-biarawati di Gereja Katedral Jakarta.
Pada hari yang sama Paus Yohanes Paulus II bertolak ke Yogyakarta dan kedatangannya kala itu disambut umat Katolik di Lapangan Dirgantara Yogyakarta.
Selepas melawat ke Maumere, Dili, dan Medan, pada 14 Oktober 1989 Paus Yohanes Paulus II meninggalkan Indonesia.
