Selepas itu, Paus Paulus VI melawat ke Gereja Katedral Jakarta untuk bersembahyang dan menemui para imam serta biarawan-biarawati Indonesia.
Paus Paulus VI kemudian melakukan pertemuan resmi bersama Presiden Soeharto di Istana Merdeka. Dalam pertemuan tersebut Paus Paulus VI menyampaikan penghargaan kepada bangsa Indonesia yang dinilainya dinamis, memiliki keinginan maju, serta menjunjung penghormatan atas kebiasaan spiritual.
Dalam kunjungannya, Paus Paulus VI juga sempat memimpin perayaan ekaristi di Stadion Utama Senayan (kini Stadion Utama Gelora Bung Karno). Perayaan ekaristi ini diikuti oleh puluhan ribu masyarakat yang datang dari seluruh Indonesia, mulai dari Sumatera hingga Papua.
Paus Yohanes Paulus II (1989)
Pada 1989 umat Katolik Indonesia kembali bersuka cita karena menyambut kedatangan Paus Yohanes Paulus II. Terlebih, durasi kunjungan sang Pemimpin Gereja Katolik kali ini berlangsung lebih lama dibanding saat Paus Paulus VI berkunjung.
Paus Yohanes Paulus II berada di Indonesia selama lima hari yakni pada 9-14 Oktober 1989. Sepanjang kunjungannya, Paus Yohanes Paulus II sempat berkeliling menemui umat Katolik di Jakarta, Yogyakarta, Maumere, Dili (kini menjadi bagian Timor Leste), dan Medan.