Mahfud meneruskan pendidikan tinggi dengan menghadiri dua perguruan tinggi sekaligus. Dia mengambil Jurusan Sastra Arab di Universitas Gadjah Mada (UGM) dan Jurusan Hukum Tata Negara di Universitas Islam Indonesia (UII), Yogyakarta.
Perjalanan Karier Politik
Prestasi nasional Mahfud mulai terlihat ketika dia diangkat sebagai Menteri Pertahanan oleh Presiden Abdurrahman Wahid selama periode 2000-2001. Selama masa jabatannya, Mahfud juga menjabat sebagai Menteri Kehakiman dan HAM.
Usai menjadi bagian dari eksekutif, Mahfud mulai mengincar dunia legislatif. Awalnya, dia bergabung dengan Partai Amanat Nasional (PAN) yang dipimpin oleh Amien Rais, namun kemudian memilih untuk bergabung dengan Partai Kebangkitan Bangsa (PKB), yang didirikan oleh Abdurrahman Wahid.
Pada pemilu 2004, Mahfud berhasil terpilih sebagai anggota legislatif dari PKB untuk periode 2004-2009.
Pada tahun 2008, setelah masa jabatannya di DPR berakhir, Mahfud memasuki bidang yudikatif dengan mengikuti uji kelayakan sebagai calon hakim konstitusi dan berhasil terpilih sebagai Ketua Mahkamah Konstitusi (MK) untuk periode 2008-2013.