Untuk kehidupan asmara, Nindy pernah menjalin kisah dengan Qibil personel, The Changcuters, tapi sayangnya hubungan itu tak bertahan lama. Dia akhirnya menikah dengan pengusaha, Askara Parasady Harsono pada 11 November 2011 di usia 22 tahun. Kini, Nindy dan Askara telah dikaruniai dua orang anak.
Rumah tangga artis berdarah Minang ini terbilang harmonis dan jauh dari gosip miring. Tapi Oktober 2019 lalu melalui channel YouTube-nya, Nindy pernah terang-terangan mengatakan banyak wanita yang berlomba-lomba untuk merayu suaminya. Nindy lantas mengatakan kalau dia mengetahui nama-nama wanita penggoda itu dan meminta mereka berhati-hati.
"Nah buat para perempuan-perempuan di sana yang merasa pernah menggoda suami aku, aku tahu. I'm watching you. Apapun itu aku tahu semuanya. Tidak ada tuh yang namanya, 'Hmm..Nindy tahu enggak ya.' Pokoknya aku itu cenayang," seloroh Nindy yang dikutip IntipSeleb pada Senin, 11 Januari 2021.
Suami Ditangkap 3 Hari Sebelum Ulang Tahun
Kini, rumah tangga Nindy Ayunda kembali diuji setelah Askara Parasady Harsono ditangkap dirumahnya di kawasan Pondok Indah, Jakarta Selatan oleh Satuan Reserse Narkoba Polres Metro Jakarta Barat setelah kedapatan memiliki narkoba.