Setiap 99 tahun, Kok Du akan turun ke dunia manusia untuk memimpin roh-roh yang telah tiada. Kok Du juga membunuh orang-orang yang pantas untuk dimusnahkan.
Kali ini, Kok Du turun ke dunia dengan merasuki tubuh manusia bernama Do Jin Woo yang bergelut di bidang medis. Siapa sangka, hal tersebut membuatnya bertemu dengan Han Gye Jeol yang dimainkan oleh Im Soo Jyang.
Han Gye Joel memiliki latar belakang yang tidak begitu baik. Dia lulus dari sekolah kedokteran peringkat terendah di negara tersebut, dan kerap dipandang sebelah mata.
Ketika masih kecil, Han Gye Jeol ditinggalkan oleh sang ibu untuk selama-lamanya dan dia hanya hodup berzama adik laki-lakinya. Saat ini, Han Gye Jeol bekerja sebagai dokter tamu.
Han Gye Jeol merasa bahwa dia tidak memiliki siapapun di hidupnya. Lalu kondisinya berubah ketika bertemu dengan Do Jin Woo.
Selain Kim Jung Hyun dan Im Soo Hyang, drama Kokdu: Season of Deity turut dibintangi oleh Kim Dasom sebagai Tae Jung Won, An Woo Yeon sebagai Han Cheol, serta Kim In Kwon sebagai Ok Shin.