Pengisi Suara Spy Classroom
Pemeran musim kedua yang kembali akan mengisi suara ada Sora Amamiya sebagai Lily, Yuichiro Umehara sebagai Klaus, Miku Itō sebagai Grete, Nao Tōyama sebagai Sibylla, Aoi Yūki sebagai Monika, Sumire Uesaka sebagai Thea, Ayana Sakura sebagai Sara, Tomori Kusunoki sebagai Annett, dan Inori Minase sebagai Erna.
Keiichiro Kawaguchi kembali untuk mengarahkan anime di studio feel dan Shinichi Inotsume akan kembali untuk mengawasi skrip seri. Sumie Kinoshita kembali mendesain karakternya. Nonoc akan kembali membawakan lagu tema pembuka Rakuen dan sajou no hanaakan membawakan lagu tema penutup Nuisance.
Menyusul konflik militer yang menghancurkan, negara-negara berperang dalam bayang-bayang. Salah satu mata-mata yang tidak biasa, Klaus, tidak pernah gagal dalam pekerjaannya terlepas dari keunikannya, dan dia membangun tim untuk menjalankan Misi yang Mustahil yang memiliki peluang kegagalan lebih dari 90 persen.
Namun, anggota pilihannya semuanya terhapus tanpa pengalaman praktis. Mereka harus menggunakan setiap trik dalam buku ini untuk membuktikan bahwa mereka sanggup melakukannya.